杀菌锅可以使用多种不同的杀菌锅系统，对密封包装在容器内无菌的食品，操作杀菌锅的时候，也会有不同的控制模式，杀菌锅的控制模式如下：

1、手动控制：杀菌锅所有阀门和泵都是手动控制，包括加水、升温、保温和降温。

2、电脑自动控制型：杀菌锅整个过程由PLC和触摸屏控制，杀菌过程可存储。操作人员只需按下启动按钮，灭菌后自动报警，控温精度可达0.1°。

3、电气半自动控制型：压力由电接触压力表控制，温度由传感器和进口温控器控制，冷却过程由人工操作。

4、计算机半自动控制型：杀菌锅采用可编程控制器和文本显示器对采集的压力传感器信号和温度信号进行处理，可存储灭菌过程，控制精度高，温度控制可达0.3。